E’ un isola piuttosto stretta che forma un arco di circa 1.300 Km., ricca di baie, insenature e enisole, è attraversata dalle Alpi Giapponesi, che la tagliano longitudinalmente, con alcune vette oltre i 3.000 metri.
Il territorio è in prevalenza montuoso e collinare con l'altezza massima raggiunta dal leggendario Monte Fuji (3.776 metri), che è anche la vetta più alta dell'intera Nazione.
Nella limitata zona pianeggiante sorgono quattro grandi concentrazioni urbane formando un’unica grande megalopoli lineare estesa per circa 1000 km: la megalopoli di Tokyo-Yokoama, che è la più grande del mondo con oltre 36 milioni di persone, quella di Osaka-Kobe-Kyoto, e gli agglomerai di Nagoya e di Nagasaki.
Queste zone altamente popolate si trovano sulla costa sud-orientale dell'isola, l'altra costa,storicamente è sempre stata più arretrata e contraddistinta soprattutto da villaggi di pescatori.
Honshu è collegata alle altre 3 isole principali del Giappone tramite ponti stradali e ferroviari che la collegano con le isole di Kyushu e Shikoku ed un tunnel ferroviario sottomarino lungo 53,85 chilometri, aperto nel 1988 e tuttora il più lungo del Pianeta, la collega con l’Hokkaido.